第12回フラガールズ甲子園の出演順は下記の順番に決まりました。
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| 順番 | 学校名 |
|---|---|
| 1 | 学校法人小池学園 武蔵野星城高等学校 |
| 2 | 学校法人川村学園 川村高等学校 |
| 3 | 東京都立第四商業高等学校 |
| 4 | 学校法人山﨑学園 福島県磐城第一高等学校 |
| 5 | 学校法人中野学園 オイスカ浜松国際高等学校 |
| 6 | 学校法人関東学院 関東学院高等学校 |
| 7 | 学校法人翔凜学園 翔凜高等学校 |
| 8 | 学校法人植草学園 植草学園大学付属高等学校 |
| 9 | 福島県立いわき支援学校 |
| 10 | 学校法人誠心学園 浜松開誠館高等学校 |
| 11 | 学校法人群馬常磐学園 常磐高等学校 |
| 12 | 福島県立いわき総合高等学校 |
| 13 | 学校法人昭和学院 昭和学院秀英高等学校 |
| 14 | 学校法人日本芸術学園 日本芸術高等学園 |
| 15 | 福島県立平商業高等学校 |
| 16 | 福島県立あさか開成高等学校 |
| 17 | 学校法人目黒日本大学学園 目黒日本大学高等学校 |
| 18 | 福島県立いわき湯本高等学校 |
| 19 | 学校法人清水国際学園 清水国際高等学校 |
| 20 | 福島県立好間高等学校 |
| 21 | 宮城県立支援学校 小牛田高等学園 |
| 22 | 神奈川県立綾瀬高等学校 |