第13回フラガールズ甲子園への参加は以下の20校（及び合同チーム）に決まりました。
※申し込みは、5月9日（金）で締め切りました。
参加校エントリー順
更新日(
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| 申込順 | 地域 | 参加 回数 | 学校名 |
|---|---|---|---|
| 1 | 静岡県 | 7 | 学校法人中野学園 オイスカ浜松国際高等学校 |
| 2 | 群馬県 | 5 | 学校法人群馬常磐学園 常磐高等学校 |
| 3 | 東京都 | 5 | 学校法人川村学園 川村高等学校 |
| 4 | 千葉県 | 7 | 学校法人翔凜学園 翔凜高等学校 |
| 5 | 埼玉県 | 10 | 学校法人小池学園 武蔵野星城高等学校 |
| 6 | 東京都 | 5 | 学校法人目黒日本大学学園 目黒日本大学高等学校 |
| 7 | 神奈川県 | 12 | 神奈川県立綾瀬高等学校 |
| 8 | 福島県 | 13 | 福島県立あさか開成高等学校 |
| 9 | 鹿児島県 | 初 | 鹿児島県立古仁屋高等学校（過去に2回出場） 鹿児島県立大島高等学校【合同チーム】 |
| 10 | 神奈川県 | 9 | 学校法人関東学院 関東学院高等学校 |
| 11 | 福島県 | 13 | 福島県立平商業高等学校 |
| 12 | 福島県 | 7 | 福島県立いわき支援学校 |
| 13 | 福島県 | 9 | 学校法人山﨑学園 福島県磐城第一高等学校 |
| 14 | 福島県 | 13 | 福島県立いわき総合高等学校 |
| 15 | 福島県 | 4 | 福島県立いわき湯本高等学校 |
| 16 | 宮城県 | 10 | 宮城県立支援学校 小牛田高等学園 |
| 17 | 東京都 | 8 | 東京都立第四商業高等学校 |
| 18 | 千葉県 | 3 | 学校法人植草学園 植草学園大学付属高等学校 |
| 19 | 山口県 | 3 | 山口県立周防大島高等学校 |
| 20 | 山形県 | 初 | YamagataフラガールクラブPilina【合同チーム】 |
※参加回数は、2020年〜2021年に行われたオンラインでの参加回数を除いた回数となっております。